Black window reloaded

Вернулась опять к своим страхам- "черному окошку". На сей раз с твердым намерением победить. Для этого попросила взять меня на поруки и в качестве учебного задания придумали проект. 

Вчера просидела весь рабочий день не отвлекаясь пытаясь вытащить колонку из большого файла и прикрепить ее к маленькому. Восемь часов гугла и я таки почти победила. Почти потому, что к концу устала настолько, что последний шаг таки сделала в excel. Решила, что опять попробую писать то, что удалось выучить сюда. Это помогает не забыть. 

# сменить директорию

   cd bin

# показать, что находится в данной директории

   ls

# head - команда с помощью которой можно показать № первых строчек из файла

# взять 10 первых строчек из файла 06_genome_cov.txt и записать их в новый файл

# 06_genome_cov10rows.txt

   head -10 06_genome_cov.txt > 06_genome_cov_10rows.txt

#   первые 4 колонки файла 06_genome_cov.txt записать в новый файл

#  06_genome_cov_4col.txt

    awk '{print $1, $2, $3, $4}' 06_genome_cov.txt > 06_genome_cov_4col.txt

    awk < pvalue_sorted_100.txt '{print $3}' > pvalue_sorted_100_Start.txt

# скопировать файл 06_genome_cov.txt из текущей директории в папку bin (путь

# /home/name/bin)

    cp 06_genome_cov.txt /home/name/bin

#  отсортировать файл pvalue_sorted_100_Start.txt и записать результаты в новый файл

#  pvalue_sorted_100_StartSorted.txt

   sort pvalue_sorted_100_Start.txt > pvalue_sorted_100_StartSorted.txt

# отсортировать файл _genome_cov.txt по колонке 2 (- k2) и записать данные в новый файл

# 06_genome_cov_k2Sorted.txt

   sort 06_genome_cov.txt -k2 > 06_genome_cov_k2Sorted.txt

# взять из отсортированного файла pvalue_sorted_100_StartSorted.txt все строки, которые

# содержат переменные в файле 06_genome_cov_k2Sorted.txt и записать в новый файл

#  test_grep.txt

  fgrep -f pvalue_sorted_100_StartSorted.txt 06_genome_cov_k2Sorted.txt > test_grep.txt

# ничего не получилось с командой join L, пришлось сдаться и «слить» два файла в excel.

# ниже- два варианта, как я пробовала эту команду. Надо бы разобраться.

  join -j2 <(sort -k2 test_grep_3columns.txt ) <(sort -k2 pvalue_sorted_100_k3Sorted_noCNVid.txt) > joinfile_pvalue_100.txt

  join  test_grep_3columns.txt pvalue_sorted_100_k3Sorted_noCNVid.txt >   joinfile_pvalue_100.txt

 

Еще в процессе нагуглила две страшно полезные команды -

# показать использованные команды

 history

Прекратить операцию - нажать Ctrl+C

Ушла бороться дальше (как обычно напевая "We shell overcome....")