cp

.
Если вот вам к примеру хочется файл скопировать из одной директории в другую, то команда "ср" это именно то, что нужно.
Вот так:

cp filename.txt path/to/new/location

выполнение этой команды приведет к копированию файла под названием filename.txt в новое место, обозначенное как path/to/new/location.

Задачу усложняем: теперь нужно скопировать директорию. Если пробовать той же командой "ср" без изменений, то "окошко" вредно начинает возмущаться и писать что-то вроде "ommitting directory". Но! RTFM- и будет счастье! Всего то надо добавить к команде "-r", что значит "copy recursively".

cp -r directory1 path/to/new/location

Ну как-то так.