Showing posts with label Черное окошко. Show all posts
Showing posts with label Черное окошко. Show all posts

Monday, February 3, 2014

На коленке

Три часа очередной непрерывной борьбы за правильный формат файла...
Люди, умеющие писать скрипты, помрут от ужаса и смеха одновременно. Чувствую себя вырезающей весь вечер на коленке деревянную ложку в век расплавленного металла, пластмассы и 3D принтеров. Завтра наберусь смелости и пойду за советом- " а как это делают нормальные люди?"  А сегодня спать и, таки, не без некой гордости. Все таки победила. 

Что-бы не забыть:

# Formatting the file. A column with end coordinates needed.
 
# copying 3rd column to the fifth.
$ cat file | awk '{ $5=$3; print;}'

# swapping 4th and 5th columns
$ cat file | awk '{ temp=$5; $5=$4; $4=temp; print; }' > outputfile


# substract constant (1) from the 4th column
$ awk '{print $1 " " $2 " " $3 " " ($4 - 1) " " $5}' inputfile > outputfile

# to cut the 4th column and paste into the new file
$ cut -d' ' -f4 inputfile > outputfile

# to delete the first character in inputfile 4th column manually

# to merge two files- file1 and file2 (side by side)
$ paste -d " "  file1 file2 > merged

# to write 1,2,3,5 and 6th column in the new file
$ cut -d' ' -f1,2,3,5,6 merged > outputfile

# to swap the columns 4 and 5 
$ cat inputfile | awk '{ temp=$5; $5=$4; $4=temp; print; }' > outputfile

# and go to sleep!!!!

Wednesday, December 4, 2013

Black window reloaded

Вернулась опять к своим страхам- "черному окошку". На сей раз с твердым намерением победить. Для этого попросила взять меня на поруки и в качестве учебного задания придумали проект. 
Вчера просидела весь рабочий день не отвлекаясь пытаясь вытащить колонку из большого файла и прикрепить ее к маленькому. Восемь часов гугла и я таки почти победила. Почти потому, что к концу устала настолько, что последний шаг таки сделала в excel. Решила, что опять попробую писать то, что удалось выучить сюда. Это помогает не забыть. 

# сменить директорию
   cd bin

# показать, что находится в данной директории
   ls

# head - команда с помощью которой можно показать № первых строчек из файла
# взять 10 первых строчек из файла 06_genome_cov.txt и записать их в новый файл
# 06_genome_cov10rows.txt
   head -10 06_genome_cov.txt > 06_genome_cov_10rows.txt

#   первые 4 колонки файла 06_genome_cov.txt записать в новый файл
#  06_genome_cov_4col.txt
    awk '{print $1, $2, $3, $4}' 06_genome_cov.txt > 06_genome_cov_4col.txt

    awk < pvalue_sorted_100.txt '{print $3}' > pvalue_sorted_100_Start.txt

# скопировать файл 06_genome_cov.txt из текущей директории в папку bin (путь
# /home/name/bin)
    cp 06_genome_cov.txt /home/name/bin

#  отсортировать файл pvalue_sorted_100_Start.txt и записать результаты в новый файл
#  pvalue_sorted_100_StartSorted.txt
   sort pvalue_sorted_100_Start.txt > pvalue_sorted_100_StartSorted.txt
# отсортировать файл _genome_cov.txt по колонке 2 (- k2) и записать данные в новый файл
# 06_genome_cov_k2Sorted.txt
   sort 06_genome_cov.txt -k2 > 06_genome_cov_k2Sorted.txt

# взять из отсортированного файла pvalue_sorted_100_StartSorted.txt все строки, которые
# содержат переменные в файле 06_genome_cov_k2Sorted.txt и записать в новый файл
#  test_grep.txt
  fgrep -f pvalue_sorted_100_StartSorted.txt 06_genome_cov_k2Sorted.txt > test_grep.txt

# ничего не получилось с командой join L, пришлось сдаться и «слить» два файла в excel.
# ниже- два варианта, как я пробовала эту команду. Надо бы разобраться.
  join -j2 <(sort -k2 test_grep_3columns.txt ) <(sort -k2 pvalue_sorted_100_k3Sorted_noCNVid.txt) > joinfile_pvalue_100.txt

  join  test_grep_3columns.txt pvalue_sorted_100_k3Sorted_noCNVid.txt >   joinfile_pvalue_100.txt
 
Еще в процессе нагуглила две страшно полезные команды -

# показать использованные команды
 history

Прекратить операцию - нажать Ctrl+C

Ушла бороться дальше (как обычно напевая "We shell overcome....")

Monday, June 20, 2011

Докатились или прорыв...

То или другое еще не знаю, но чувствую себя немного ошалевшей девочкой, получившей в управление чемоданчик с ядерной кнопкой. Ну а как, как я еще могу себя еще чувствовать, когда мне сегодня выдали административный пароль на управление нашим супер компьютером, точнее, как я сегодня вычитала, это как раз таки не супер компьютер, а ГРИД- компьютер. Эта штуковина стоит....нет, лучше я про это не буду, а то у меня все и так чешется. В этом красавце 3 сервера по 8 CPU каждый и по 48 GB RAM и 24 TB памяти. Пусть я скорее найду нам биоинформатика! Студент, работающий сейчас со мной раз в неделю, явно не выход. Непрерывно пою песню про "we shall overcome" и параллельно пишу СОП на выключение и включение этой махины в случае ожидаемых проблем с электричеством и смену у нее дисков в случае сгорания имеющихся...А послезавтра мне на него программы устанавливать для обсчета данных...Я смогу, я смогу!

Friday, June 17, 2011

Размеры

Вот, к примеру, запустили вы анализ, а он возьми и остановись через некоторое время. Можно еще раз попробовать. Можно посмотреть удовлетворяет ли требуемым программой спецификациям компьютер и еще раз запустить. Ан нет, никак. Тогда имеет смысл посмотреть сколько весят файлы, которые программа собирается произвести или произвела уже и есть ли для этого место на диске. Интересные вещи, бывает, обнаруживаются....
А команды такие:

$ du - команда узнать размер

$ du -h path/to/directory - чудесная буковка h говорит, что размет надо бы показать в чем нибудь удобоваримом. То есть в "human readable format". В килобайтах, мегабайтах или гигабайтах.

$ du -hs path/to/directory - буква s говорит, что размер надо узнать у всего "summary".

И если после всех действий вы еще не знаете сколько у вас еще места на диске осталось, то можно спросить:

$ df - disk free space

Вот. А еще сегодня я была на совещании биоинформатиков. Половое распределение на этих совещаниях очень далеко от нормального. Я (в смысле женщина) там почти всегда одна. Хожу туда в коротких юбках и накрашенная. А что - вы умные, а я....Вот так и привлекаю внимание и получаю ответы на свои вопросы. Ну да, с точки зрения феминисток это не выход. Но действует, однако!

Tuesday, May 31, 2011

cp

.
Если вот вам к примеру хочется файл скопировать из одной директории в другую, то команда "ср" это именно то, что нужно.
Вот так:

cp filename.txt path/to/new/location

выполнение этой команды приведет к копированию файла под названием filename.txt в новое место, обозначенное как path/to/new/location.

Задачу усложняем: теперь нужно скопировать директорию. Если пробовать той же командой "ср" без изменений, то "окошко" вредно начинает возмущаться и писать что-то вроде "ommitting directory". Но! RTFM- и будет счастье! Всего то надо добавить к команде "-r", что значит "copy recursively".

cp -r directory1 path/to/new/location

Ну как-то так.

Friday, May 27, 2011

We shall overcome.....

.
Я не боюсь, я не боюсь.
Это не я, Это не я!

Все как в анекдоте. Но я все смогу и всему научусь!
Привезли новое оборудование и я очень, очень хочу научиться анализировать данные полученные на этом оборудовании. А для этого необходимо уметь работать с командами Unix. После многолетнего страха перед "черным окошком" я поняла, что это просто еще один иностранный язык. И если я выучила их уже пару, то выучу и Unix. И не просто выучу, а смогу успешно применять. Для лучшего запоминания буду новые команды и описания к ним постить в журнал.