Вернулась опять к своим страхам- "черному окошку". На сей раз с твердым намерением победить. Для этого попросила взять меня на поруки и в качестве учебного задания придумали проект.
Вчера просидела весь рабочий день не отвлекаясь пытаясь вытащить колонку из большого файла и прикрепить ее к маленькому. Восемь часов гугла и я таки почти победила. Почти потому, что к концу устала настолько, что последний шаг таки сделала в excel. Решила, что опять попробую писать то, что удалось выучить сюда. Это помогает не забыть.
# сменить
директорию
cd bin
# показать, что находится в данной директории
ls
# head
- команда с помощью которой можно показать № первых строчек из файла
# взять 10 первых строчек из файла 06_genome_cov.txt и записать их в новый файл
# 06_genome_cov10rows.txt
head -10 06_genome_cov.txt >
06_genome_cov_10rows.txt
# первые 4 колонки файла
06_genome_cov.txt записать в новый файл
# 06_genome_cov_4col.txt
awk
'{print $1, $2, $3, $4}' 06_genome_cov.txt > 06_genome_cov_4col.txt
awk
< pvalue_sorted_100.txt '{print $3}' > pvalue_sorted_100_Start.txt
# скопировать файл 06_genome_cov.txt из текущей директории в папку bin (путь
# /home/name/bin)
cp 06_genome_cov.txt /home/name/bin
# отсортировать файл pvalue_sorted_100_Start.txt и записать результаты в новый файл
# pvalue_sorted_100_StartSorted.txt
sort
pvalue_sorted_100_Start.txt > pvalue_sorted_100_StartSorted.txt
# отсортировать файл _genome_cov.txt по колонке 2 (- k2) и записать данные в новый
файл
# 06_genome_cov_k2Sorted.txt
sort 06_genome_cov.txt
-k2 > 06_genome_cov_k2Sorted.txt
# взять из
отсортированного файла pvalue_sorted_100_StartSorted.txt
все строки, которые
# содержат переменные в файле 06_genome_cov_k2Sorted.txt и
записать в новый файл
# test_grep.txt
fgrep -f pvalue_sorted_100_StartSorted.txt
06_genome_cov_k2Sorted.txt > test_grep.txt
# ничего не получилось с командой join L,
пришлось сдаться и «слить» два файла в excel.
# ниже- два варианта, как я пробовала эту команду. Надо бы
разобраться.
join -j2 <(sort -k2
test_grep_3columns.txt ) <(sort -k2 pvalue_sorted_100_k3Sorted_noCNVid.txt)
> joinfile_pvalue_100.txt
join
test_grep_3columns.txt pvalue_sorted_100_k3Sorted_noCNVid.txt > joinfile_pvalue_100.txt
Еще в процессе нагуглила две страшно полезные команды -
# показать
использованные команды
history
Прекратить операцию - нажать Ctrl+C
Ушла бороться дальше (как обычно напевая "We shell overcome....")